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MDL Chime 2.6: software gratuito
Visualizza le molecole in 3D con Internet Explorer |
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Alcune pagine web di chimica contengono immagini tridimensionali di molecole che si possono ruotare e osservare da ogni posizione come se fossero veri oggetti tridimensionali.
Questi modelli tridimensionali di molecole sono generati da file scritti in formato pdb (protein data bank) che contengono le coordinate spaziali di ogni atomo della molecola.
Purtroppo, però, Internet Explorer e gli altri browser più diffusi non sono in grado di leggere i file pdb. Per rimediare a questo problema bisogna installare Chime 2.6, un piccolo programma (gratuito!) distribuito dalla MDL (vi sarà solo chiesto di compilare una scheda di registrazione). |
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ISIS Draw 2.5
Disegna molecole in 2D |
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| Si tratta di un programma completo ed efficace che permette in pochi secondi di disegnare molecole anche complesse dall'aspetto professionale per inserirle in dispense o appunti |
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Chemsketch 10
Disegna molecole in 2D e le trasforma in 3D
Assegna il nome IUPAC
Disegna spettri NMR |
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Programma semplice ed immediato per creare modelli tridimensionali di molecole (gratuitamente!) dalla ACD Labs. Con questo programma in pochi istanti è possibile disegnare una molecola in due dimensioni. Si può anche generare il nome IUPAC della molecola se questa è composta da meno di 50 atomi. Inoltre si possono ottenere peso molecolare, composizione percentuale, formula bruta, indice di rifrazione, densità, tensione superficiale, ecc.
Si può far calcolare al computer un modello tridimensionale della molecola che può essere visto con il visualizzatore 3D interno di Chemsketch. Nella molecola 3d si può intervenire modificando lunghezze e angoli di legame, si possono anche modificare angoli di torsione e configurazioni R/S!
Inoltre la molecola 3D può essere salvata in formato mol (un formato analogo al pdb il formato universale per i modelli molecolari 3D) e quindi può essere visualizzata in altri programmi come Chime o ArgusLab 4.0 che ha migliori capacità di rendering. In questo modo si possono ottenere delle ottime immagini dall'aspetto fotografico.
E' compreso anche un programma per tracciare spettri NMR simulati! Dovete specificare però quanti tipi di idrogeni, il chemical shift, le costanti di accopiamento J. |
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ArgusLab 4.0
Disegna e visualizza molecole in 3d |
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Con questo ottimo programma distribuito (gratuitamente) da Mark Thompson della Planaria Software, è possibile sia creare sia importare molecole per esaminarle in 3 dimensioni con un'ottima qualità grafica. Si possono osservare anche grosse molecole come proteine, DNA ed RNA con un dettaglio grafico superiore a quello di Chime.
Inoltre sono disponibili delle funzioni avanzate di calcolo per la ottimizzazione tridimensionale delle molecole, per il calcolo della superficie degli orbitali HOMO e LUMO che permettono di indagare la reattività della molecola ed è possibile anche eseguire il calcolo della interazione di un ligando col sito attivo di un enzima (Docking). |
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| Alcuni programmi di chimica che rappresentano una piccola panoramica del software disponibile sul mercato. Sono tutti semplici da usare e di ottima qualità. |
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